Desde la creación de ANFHE se vienen generando distintas iniciativas y ejes de acción vinculados a problemáticas recurrentes en las distintas Facultades que integran la Asociación. Se generan instancias de trabajo en las reuniones plenarias así como a través de comisiones específicas vinculadas a cuestiones disciplinares o a problemáticas generales como autoevaluación, fortalecimiento de la enseñanza, la investigación y la extensión.